АСМ сделан из четырех основных частей: головка, компьютерный модуль, кантилевер, оптическая система.
Головка имеет разъем в который вставляется кантилевер. Она в свою очередь крепится внутри микроскопа с помощью магнитных держателей. Образец кладется на магнитный столик положение которого управляется посредством движения пьезодвижителей.
Они способный двигаться на очень малые длины, порядка нанометров. Также важную роль играется лазер и фотодиод. Лазер падает на конец зонда, деформируемого при движении по поверхности образца. Затем лазерный луч отражается и попадает на зеркальце, после чего он и попадает на фотодиод. Затем компьютерный модуль считывает показания с фотодиода: сила тока. Оттуда вычисляет интенсивность излучения и находит силу и величину деформации.
Затем значение деформации заносится в трехмерную матрицу, которая и образует изображение. Каждый элемент матрицы, образующей изображение является совокупностью координат X, Y, Z.
Оная работа необходима дабы лучше понимать пути, которыми распространяется вирус и его способ репликации.